根據所行使權利的不同，權證可以分為認購證和認沽證。認購證指權證的持有人有權利在一定時間內，以事先約定的價格向發行人購買特定數量的標的證券，其實質是一個看漲期權；認沽證則相反，指持有人有權利在一定時間內，以事先約定的價格向發行人出售特定數量的標的證券，其實質是一個看跌期權。放眼深滬股市目前的權證市場，自南航JTP1退市之后，目前已無認沽證的身影，市場交易的19只權證均為認購權證。

認購證及認沽證只是權證的分類方法中最基本的一種，從不同的角度考慮，還可以將權證分為多種不同種類。

例如，根據行權時間的不同，權證可以分為歐式權證、美式權證以及百慕大權證。歐式權證是指持有人只可以在權證到期日行權。如南航JTP1，存續期截止日期為2008年6月20日，行權日期也僅此一天；美式權證指權證持有人可以在權證到期前的任何交易日行權，而百慕大式權證則介于歐式權證和美式權證之間，指權證持有人有權在到期日之前的一個或多個交易日權。深滬股市多數權證即為百慕大式權證。其中，一些權證的行權期為到期前幾個交易日，如石化CWB1的到期日為2010年3月3日，行權期為2010年2月25日至3月3日；一些權證的行權期則較長，如深發SFC2，行權日期從2008年5月19日至6月27日；另外還有一些權證的行權期較為靈活，可分多次行權，如馬鋼CWB1和鋼釩GFC1，2007年和2008年各有一次行權機會。

根據權證發行人的不同，還可以將權證分為股本權證和備兌權證。股本權證是指標的證券的發行人所發行的權證，其發行目的主要是為了融資；而備兌權證是指由標的證券發行人之外的第三方發行的權證，通常是聲譽較好、有發行資質的券商或者其他金融機構。與股本權證不同，備兌權證的發行商主要是為投資者提供一種杠桿投資工具，并依靠自己的風險管理能力來賺取利潤。目前深滬股市權證市場以股本權證為主流，并無嚴格意義上的備兌權證。

在我國，根據權證發行目的不同，還可以將權證分為分離交易可轉債分離出的股本權證，以及為解決股權分置問題而發行的股改權證。深滬股市目前上市流通的權證中，只有阿膠EJC1屬于股改權證，其他權證均為分離交易可轉債分離出的股本權證。