基金的資金清算依據交易場所的不同分為交易所交易資金清算、全國銀行間市場資金清算和場外資金清算三部分。 
　　(一)交易所交易資金清算
　　交易所交易資金清算指基金在證券交易所進行股票、債券買賣、回購交易時所對應的的資金清算。
　　1.數據來源。交易所交易資金清算的數據來源于中國證券登記結算公司。托管人在每天交易結束后，通過衛星系統接收中國證券登記結算公司的清算數據，將其按照一定的格式發送至基金清算與會計系統。
　　2.清算時間。根據滬深交易所現行的資金清算規則，交易資金采用T+1日交割制度。因此，交易所交易資金清算時間為T+1日收盤前(下午3：00)。
　　3.交易所資金清算步驟：
　　(1)接收交易數據。T日閉市后，托管人通過衛星系統接收交易數據。
　　(2)制作清算指令。托管人對當日交易進行核算、估值及核對凈值后，制作清算指令，完成T日的工作流程。
　　(3)執行清算指令。T十1日托管人將經復核、授權確認的清算指令交付執行。
　　(4)確認清算結果。基金托管人對指令的執行情況進行確認，并將清算結果通知管理人。
　　(二)全國銀行間市場交易資金清算
　　全國銀行間債券市場交易資金清算包括基金在銀行間市場進行債券買賣、回購交易等所對應的資金清算。
　　1.基金在銀行間債券市場發生債券現貨買賣、回購業務時，基金管理公司將該筆業務的“成交通知單”加蓋管理公司業務章后發送基金托管人。
　　2.基金托管人在“中央債券綜合業務系統”中，采取雙人復核的方式辦理債券結算后，打印出交割單，加蓋基金資金清算專用章，傳送管理公司，原件存檔。
　　3.債券結算成功后，按照成交通知單約定的結算日期，制作資金清算指令，進行資金劃付。
　　4.基金托管人負責查詢資金到帳情況，資金未到帳時，要查明原因，及時通知管理人。
　　(三)場外資金清算
　　場外資金清算指基金在證券交易所和銀行間市場之外所涉及的資金清算。包括申購、增發新股、支付基金相關費用以及開放式基金的申購與贖回資金清算等。場外資金清算流程如下：
　　1.基金托管人通過加密傳真等方式接收管理人的場外投資指令;
　　2.基金托管人對指令的真實性、合法性、完整性進行審核，審核無誤后制作清算指令。清算指令經過復核、授權后，交付執行;
　　3.對指令的執行情況進行查詢，并將執行結果通知基金管理人。

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