1．兩者最根本的區別在于清算是對應收應付證券及價款的軋抵計算，其結果是確定應收應付凈額，而并不發生財產實際轉移；交割是對應收應付凈額（包括證券與價款）的交收，發生財產實際轉移（雖然有時不是實物形式）。 
2．從處理單位來看，清算一般以同一清算期內證券經營機構的每一個交易席位作為一個清算單位，即每個營業日對證券經營機構的每一個交易席位作一次清算；如果該證券經營機構擁有多個席位，則由證券經營機構再將相應席位清算數據匯總后同結算公司集中辦理交割事宜。 
一般交割方式
交割的具體方式大致可以分為以下幾種：
（一）當日交割，證券買賣雙方在證券交易達成之后，于成交當日即進行證券和價款的收付，完成交割。 
（二）次日交割，證券買賣雙方在交易達成之后，于下一營業日進行證券和價款的收付，完成交割。
（三）例行日交割，證券買賣雙方在交易達成之后，按所在交易所的規定，在成交日后的某個營業日內進行交割。
（四）特約日交割，證券買賣雙方在交易達成之后，由雙方根據具體情況商定，在從成交日算起15天以內的某一特定契約日進行交割。 
（五）發行日交割，這種交割方式適用于新股發行。